為了保證氣相色譜儀正常工作，一般使用的載氣純度99.99%（電子捕獲檢測器必須使用高純氣源，即99.999%以上）。同時，所有氣體還須經過凈化管進行凈化處理，以除去水分和雜質。凈化管通常為內徑50mm，長200~250mm的金屬或PVC管，如圖所示。
氣相色譜儀凈化管簡介
1-干燥管；2-螺帽；3-玻璃棉；4-干燥劑；5-載氣入口；6-載氣出口
氣相色譜儀凈化管在使用前應用熱的100g/L NaOH溶液浸泡30min后在洗凈烘干。管內裝填的凈化機主要是5A分子篩（吸附氣源中的水分和低摩爾質量的有機雜質），在5A分子篩之后可裝入少量變色硅膠（當分子篩失效時，水開始被變色硅膠吸附），硅膠變紅說明分子篩需要重新活化。
有時候還可裝入一些活性炭（吸附烴類雜質）。若要去除載氣中的微量氧氣，則可裝填105催化劑。應定期進行各種凈化劑的更換或烘干，以保住氣體純度。
注意：凈化管的出口和入口處應加標志；出口處應當用少量紗布或脫脂棉塞上，防止凈化機粉塵流入氣相色譜儀。